Es de esas cosas tontas que haces con dos comandos primero un:
$ mkdir -p <path>
Y después un:
$ touch <fichero>
Pero se puede hacer del tirón como:
$ install -D /dev/null /home/md/.config/nvim/init.vim
Donde -D es para hacer que cree todo el path. Y el /dev/null para que copie el fichero mágico de los Unix y los GNU/Linux de tamaño 0.
Lo encontré buscando como crear el init.vim para neovim de un tirón en: mkdir -p for files